沼氣池清池除渣可以結合種植用肥需要和農閑時節進行，一般每隔3個月小清一次，一年左右大清一次。通常小清取出100公斤左右的沉渣；大清取出1000公斤左右的沉渣，徹底進行大換料。

為保障戶用沼氣的正常生產和使用，在具備沼氣生產一定設施建設基礎條件的情況下，對農村戶用沼氣生產中應注意以下主要三個方面問題。

1、要注意沼氣池的氣箱問題。由于大多數沼氣戶往往只知道每天往沼氣池中加入發酵原料和生活污水，加之有的長期不抽取沼液沼渣，這樣會造成沼氣池的氣箱容積減少，雖然看似氣壓很高，但使用一會兒氣壓就會很快下降，久而久之，影響沼氣戶的正常運轉。所以在沼氣正常生產的前提下，一定時間內，要撐握好等量加入發酵原料、生活污水和等量抽出沼液沼渣，才能保證沼氣池的氣箱容積和氣壓標準要求。

2、要注意加入足夠的發酵原料問題。由于農村廣大農戶沼氣建設受地基限制，“一池三改”不完全配套，往往忽視按期加入發酵原料要求，導致產氣量較少而影響正常使用。沼氣主要是利用人畜（豬、牛、羊、馬）和家禽糞便為發酵原料，極少農戶利用部分農作物秸稈。不論是采用人、畜禽糞便和粉碎后的農作物秸稈，經過腐熟一周后供使用效果更好。一般每天要投入不少于30公斤新鮮人畜糞便才能保障沼氣正常生產使用。

3、要注意調節適宜的酸堿度問題。為保證沼氣池高效正常發酵，應注意調節好沼氣池發酵生產適宜的酸堿度，一般發酵液過酸現象普遍存在，過酸后沼氣壓力雖高，但甲烷含量少，火力不足，且硫化氫氣體含量高，導氣管會變黑色。日?？捎肞H試紙進行檢測來確定。一般沼氣池料液或流出料液的酸堿度應撐握在PH值6.5—7.5為佳，低于6.5或高于7.5都會使沼氣發酵微生物受到抑制，從而影響沼氣生產。如果過酸可加入適量的草木灰，或加入適量的澄清石灰水與發酵液混合均勻來調節。